Uma vez que as águas subterrâneas dos aquíferos constituem um recurso importantíssimo de água doce, deve-se evitar a todo o custo a sua contaminação. No entanto, esta é contaminada com base em 3 aspectos diferentes:
Poluição física :ocorre quando se verifica uma variação, por exemplo, nos valores de temperatura ou de radioactividade na água de um aquífero. Tratando-se de um fenómeno temporário, com mais ou menos facilidade, rapidamente o aquífero adquirirá as suas propriedades físicas normais.
Poluição química - introdução na água de substâncias que podem prejudicar a sua utilização, tornando-a desagradável à visão, ao olfacto e ao paladar. Estas substâncias provocam a alteração das propriedades físicas e biológicas da água, tornando-a imprópria para muitas das suas utilizações.
Poluição bacteriológica - quando substâncias tóxicas ou organismos patogénicos aparecem na água, tornando-a imprópria para consumo e para as utilizações domésticas.


De uma maneira geral, a poluição que afecta as águas subterrâneas é causada pelas diferentes actividades do Homem. Assim, a poluição das águas pode ser dos seguintes tipos:
- poluição de origem agrícola: a agricultura, quando de carácter intensivo, utiliza grandes quantidades de adubos, pesticidas e outras substancias capazes de fazerem aumentar a produção. Estes produtos possuem substâncias perigosas, algumas tóxicas, tais como nitratos, fosfatos e mesmo metais pesados. A assimilação destes produtos, por parte das plantas, nunca é total, pelo que os fosfatos e nitratos não assimilados acabam por ser arrastados pelas águas das chuvas até aos aquíferos, poluindo-os.
- poluição de origem urbana: o aumento populacional tem causado enormes problemas de gestão dos resíduos que são produzidos pelo Homem. Os resíduos, mesmo quando depositados em aterros (ditos sanitários), com o decurso do tempo, sofrem diversas transformações, que originam materiais perigosos para os aquíferos. Destes materiais, os mais nocivos são as chamadas águas lixiviantes que, caso não sejam convenientemente tratadas, ou caso ocorra uma fuga destas águas, poderão contaminar, de forma irremediável, um aquífero.
- poluição de origem industrial: a actividade industrial, nomeadamente as industrias petroquímica, metalúrgica e alimentar, produz resíduos líquidos que são lançados, muitas vezes, nos solos ou nas linhas de água, sem qualquer tipo de tratamento. As substâncias poluidoras (metais pesados, produtos orgânicos e outras) geradas por estas actividades são, em alguns pontos do nosso país, responsáveis pelo estado de degradação em que se encontram alguns aquíferos.

Para além dos tipos de poluição já referidos, a sobreexploração de um aquífero pode, também, provocar a sua poluição. Retirar mais água do que aquele que os aquíferos são capazes de produzir pode provocar alterações químicas ou bacteriológicas, que os tornam impróprios para consumo.

Os casos de sobreexploração mais típicos são os que ocorrem nas zonas costeiras. Assim, se determinado aquífero, localizado no litoral, for explorado em excesso, a diminuição da quantidade de água doce possibilita o avanço da água salgada subterrânea em direcção ao continente, acabando por atingir as captações que se localizam mais próximo do mar. Quando esta situação acontece, dificilmente se conseguirá recuperar um aquífero.
Assim a manutenção dos aquíferos impolutos implica várias medidas como o controlo da intervenção antrópica, a análise periódica da qualidade da água captada, a aplicação de coimas pesadas, quer a nível individual quer colectivo, para quem polua estes recursos, etc. A sensibilização das populações para o uso correcto da água e o incentivo à gestão racional dos recursos hidrológicos são igualmente importantes para a preservação dos aquíferos.